A fase de Howard Mackie e seus colaboradores acabou e chegou o autor de TV JM Straczynski (Babylon 5) que levou a série em outra direção durante anos antes de retomar Osborn como vilão. No entanto, não foi nas séries do Homem-Aranha que aconteceu o mais importante. Pelo menos não nas séries do Aranha da continuidade padrão da editora, chamada de Universo 616.
Isto exige uma explicação mais detalhada.
Em 2.001 a Marvel lançou um selo chamado “Ultimate Marvel” que reapresentava seus personagens para uma nova audiência. Até 2.006 este selo foi um grande sucesso da indústria com tiragens superiores a 100 mil cópias. O escritor desta série, um então razoável desconhecido chamado Brian Michael Bendis, tornou-se um escritor “quente” e assumiu a direção de vários títulos da Marvel, em especial Demolidor e Os Vingadores (a partir de 2.004/05).
Bendis tornou Osborn vilão principal de grande parte dos arcos iniciais da série “Ultimate Spider-Man”. Se a versão da continuidade normal também usasse o mesmo vilão seria cansativo, seria super-exposição especialmente por que o sujeito também foi o vilão do primeiro filme do personagem dirigido por Sam Raimi.

Após a conclusão de Alias, a série recebeu uma continuação chamada The Pulse (2003/04), mais vinculada ao Universo Marvel; onde no arco inicial, depois de anos finalmente conseguiu provar publicamente que Osborn era o vilão Duende Verde. Um livro escrito por Ben Urich (personagem recorrente em Homem-Aranha, Demolidor e em tramas do Clarim Diário) finalmente foi liberado. Norman Osborn finalmente foi preso para responder por seus crimes e continuou a manter a identidade do Aranha em segredo.
Quando relançou a série Os Vingadores sob o título Novos Vingadores, Bendis plantou várias sementes daquilo que seria a Guerra Civil e a Invasão Secreta. Uma das pessoas recrutadas para a equipe foi Luke Cage, já morando com Jessica Jones. Meses depois o bebê nasceria e eles casariam-se. A popularidade do casal e especialmente de Luke aumentou bastante.
A Invasão Secreta foi uma invasão em massa da Terra feita pelo Império Skrull (que tinha sido realocado a vilão de primeira grandeza graças a outra série da linha Ultimate). Invasões em massa existem nos quadrinhos desde a primeiro fase de revistas de sci-fi nos anos 1.950; mas a mais representativa seria a invasão da Terra por nove raças alienígenas em busca do segredo dos meta-humanos feita no fim dos anos 1.980 na DC Comics e chamada Invasão!
Apesar de ganhar a guerra Tony Stark (o Homem de Ferro) caiu em desgraça. O personagem vinha em uma linha ascendente desde antes da Guerra Civil e a exposição do filme ajudou a sedimentar uma popularidade. Com o desaparecimento de Nick Fury (em função de Guerra Secreta, também escrita por Bendis), Stark é escolhido como diretor da SHIELD, cargo que perde depois que “permite” a invasão.

Osborn conseguiu se reprojetar na mídia depois que foi um dos líderes da derrota dos skrulls, recebeu perdão definitivo e um cargo na liderança da organização SHIELD, uma organização de espionagem, contra espionagem e contra insurgências. Para deixar claro sua marca, ele alterou o nome da organização para MARTELO. Demonstrava assim a sua visão do mundo trocando o escudo (SHIELD) algo defensivo para algum capaz de causar dano, no caso um martelo (HAMMER).
Começou o Reinado Sombrio.