Com Adama em recuperação, Saul Tigh, o oficial imediato – “X O” na terminalogia da série – recai no alcoolismo não suportando as pressões do comando. Sua esposa, Ellen, encontrada de maneira muito misteriosa por Adama nos episódios finais da 1ª temporada, também não deixa Saul respirar aliviado. Apesar disso tudo, Tigh tem sempre em mente que a nave “é de Adama” e que ele realmente não quer o comando.
Ele mantém Laura Roslin prisioneira, e permite que Lee Apollo – que auxiliou no levante de Roslin e por isso também é prisioneiro – continue no cargo de CAG apenas por que não tem ninguém para por no lugar dele. 
Laura começa a ter delírios por falta de “camala” – uma droga de propriedades místicas e que estaria contendo o avanço de seu câncer de mama, recém diagnosticado.
Curiosamente o fator de estar às portas da morte coincide com lendas da religião dominante de Caprica, indicando que ela seria a responsável pelo encontro da tribo perdida.
Logo que a equipe avançada que havia ido a Kobol retorna, Chefe Tyrol é preso pelo envolvimento com Boomer, mas uma auxiliar mata a cylon durante um transporte.
Neste mesmo episódio Roslin e Apollo conseguem alguns militares simpáticos – e há vários depois de Tigh instaurou Lei Marcial e dissolveu o Conselho dos Doze - e fogem de Galáctica, primeiro se escondendo na frota e depois para a superfície de Kobol.
Depois de duas operações complicadas e uns cinco episódios de molho, Adama retorna para ver que a frota se divide!
Convencidos que Laura é uma enviado dos deuses, 24 naves (quase 1/3 da frota) abandonam os sobreviventes e retornam à Kobol para que, junto com a flecha que Starbuck, Helo e Boomer trouxeram abrir a Tumba de Athena.
Apesar de não ser um episódio reflexivo, Adama repensa sua posição depois de ouvir algumas palavras duras de “Dee” – a oficial de comunicações – e decide reunir a frota novamente indo para a superfície do planeta.
Tudo parece seguir o padrão de um evangelho das 12 Colônias chamado o “Evangelho de Pythia”, onde Adama seria o equivalente a Zeus. 
Um complô criado por amigos de Tom Zarek – um revolucionário, inimigo político de Roslin, mas que está acreditando na missão da presidente, interpretado por um ator importante da primeira versão da série, adivinhe qual – deixa claro que Boomer – uma cylon, cujo outro modelo atirou no comandante - está auxiliando a equipe da Battlestar Galáctica que encontra um mapa que irá permitir chegar à Terra.
De volta à nave, com a frota reunida, Boomer vai para a prisão e sob tortura emocional confessa a Gaius Baltar que há 8 cylons na frota. Gaius, em função de suas ilusões com um modelo 6 – que será conhecida na série como “Caprica Six” –, acreditando estar sendo manipulado por um chip, pede alguns exames de ressonância magnética, que não encontram nada que indique esta teoria.
Chefe Gallen Tyrol sai da prisão e meio obsessivo começa a construir uma nova nave caça para fazer frente aos inimigos – o quê a princípio ninguém acredita no sucesso, mas lentamente até mesmo o inacessível Tigh auxilia.
