O programa é uma série de ficção científica, um drama político-militar que mostra a sobrevivência da raça humana, a busca pela 13ª colônia de Kobol, atualmente perdida (a colônia se chama Terra) e a constatação que há modelos de cilônios disfarçados de humanos na frota.
Em Caprica Ocupada
A segunda temporada começou muito bem, continuando a tensão da temporada anterior. Desta vez os produtores tiveram autorização para 20 episódios, que foram divididos em dois blocos de 10, sendo que o segundo conjunto teve algumas críticas, devido a episódios poucos conclusivos.
Starbuck encontra com Helo e Boomer em Caprica Ocupada e resgata a Flecha de Athena, matando uma Número Seis no processo.
Boomer foge com a nave depois que percebe que Starbuck não irá permitir que ela viva – a piloto vinha da nave base ainda não sabia dos eventos da Galáctica, mas imediatamente ao encontrar outra Boomer deduziu que se tratava de uma cylon.
Helo avisa que Boomer está grávida!
Há uma nova série de episódios de Helo e Starbuck fugindo, até que encontram 53 sobreviventes que faziam parte de um time que estavam treinando nas alturas e por isso sobreviveram.
Starbuck e várias mulheres são capturadas por cylons que estão utilizando ovários humanos para criarem seus cylons modelos humanos. Starbuck só não entrou para o processo por que levou um tiro no quadril. 
Então Boomer retorna e indica para Helo e o time onde estão sendo feito as experiências. Eles conseguem resgatá-la e após uma promessa de retornarem em breve, os três pilotos voltam para a Battlestar Galáctica.
